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最后的九卿衙门通政司，通政使吕图南被朱由检安排了重任。
他被派去南京担任兵部尚书，把北京已经完善的五院制度，在南京推行下去。
通政使一职，朱由检属意杨所修担任。这个人之前就是因为被阉党廷推为南京通政使，选择反水投靠皇帝。
他也可以说是铁杆帝党，是朱由检的一把利刃。
但是这个任命，遇到的阻力很大。因为杨所修不但东林党不待见，阉党余孽也不待见他。
最终还是在朱由检的强推下，他才被推举为通政使，成为九卿之一。
杨所修对此感激涕零，更加清楚地知道，自己必须忠心皇帝。
五院剩下的理藩院，完全由朱由检任命，他选择黄立极担任掌院，孔贞运担任内藩部长、曹思诚担任外交部长，一同协理理藩院。
外藩部长周永春、宗正寺右少卿曾楚卿，同样也属于理藩院大臣。
至此，京城五院大臣，已经完全任命。
南京朝廷的很多官员，被充实到北京任职。
朱由检因此又对南京朝廷进行大规模调整，补充空缺官员。
——
最重要的南京兵部尚书，朱由检选择了吕图南担任。用这个九卿中的帝党，加强对南京的控制。
他还被任命为南京枢密院佥事，负责南京朝廷的五院组建。
南京兵部右侍郎孙居相，这次被转任南京户部左侍郎。
他空出来的职位，被朱由检任命傅振商担任。
此人是群臣推举出的人才，曾任南赣巡抚，以“知兵善谋”闻名朝野。朱由检想在南京兵部的职位上，看看这个人的能力。
南京吏部尚书孙慎行，是红丸案的发起者，也是当前最有威望的东林党人之一。
朱由检之所以同意起复他，是看重他开国功臣后裔的身份。
孙慎行的祖先，是配享太庙的燕山忠愍侯孙兴祖。孙兴祖之子孙恪，还因为捕鱼儿海之功被封全宁侯，后来被蓝玉牵连而死。
如今朱由检给蓝玉案平反，并且给列入功臣庙的功臣后裔尽皆授予海外伯爵爵位。当然要抬出个代表，表明自己的诚意。
孙慎行因此被起复，在红丸案被重新定性后，朱由检把他列为南京官员候选，他被廷推为南京吏部尚书。
南京吏部左侍郎林欲楫，这次被提升为南京户部尚书。朱由检想要再看一下，这位翰林院出身的官员有没有干才。
如果不是很有才干的话，凭他的晋江官员身份，以后就没必要来北京。
南京礼部右侍郎李孙宸，被提升为南京吏部左侍郎。
接替他职位的，是万历三十五年状元、原任礼部右侍郎黄士俊。
他和南京礼部尚书孟绍虞搭档，执掌南京礼部。
南京刑部尚书胡应台，被人弹劾曾在吴中卷地皮，而且在担任两广总督时激起民变、被接任的两广总督何士晋弹劾冒饷数万。
朱由检命人查明后，削去胡应台的官职。因为他是湖广浏阳军籍进士、还曾向辽东战场解送红衣大炮，被免死抄家流放海外，派去南洋辅佐郭尚友。
空出来的南京刑部尚书一职，被群臣廷推漕运总督兼凤阳巡抚郑三俊担任。
这又是一位东林党人，而且有可能成为东林领袖。侯恂等东林党后起之秀，就是他的弟子。
朱由检原本打算让他在地方上历练一下，看看能否大用。如今被廷推为刑部尚书，他就如其所愿。
南京刑部右侍郎杜士全，因为身体不好请求回籍调理。朱由检应其所请，任命群臣廷推的冯英为南京刑部右侍郎。
最后的南京工部，尚书张凤翔被调任北京刑部左侍郎，右侍郎张维枢被弹劾冠带闲住。
这次群臣廷推出靳于中担任南京工部尚书，何乔远担任南京工部右侍郎。
南京都察院职务，由江南巡抚、安徽巡抚、提督操江等官员兼任。
南京大理院暂时只设协理院事，被群臣廷推朱世守担任。此人同样是东林党人，曾任广西巡抚、刑部右侍郎。
最后的南京理藩院协理院事，朱由检任命彰武伯杨崇猷担任。这是他追封功臣后，冒出来想做事的勋贵之一。朱由检先安排个没多大实权的职位，看看他的能力。
南京朝廷大臣任命之后，朱由检最后任命的是地方官员。
按照之前制定的督抚任期制，漕运总督兼凤阳巡抚、天津巡抚、四川巡抚、广西巡抚、南赣巡抚、郧阳抚治、陕西巡抚、甘肃巡抚、湖南巡抚的任期，从崇祯二年开始计算。
在任期结束之前，这些督抚都写了施政纲要。朱由检因为他们任职未久，大多予以留任。
需要更换的，唯有被调任南京刑部尚书的漕运总督兼凤阳巡抚郑三俊，朱由检在群臣推举下，任命原工部尚书总理河道朱光祚担任此职。
这又是一位东林党人，朱由检只能感慨，很多有能力的人才，都被纳入了东林党。
地方督抚之中，现在有很多是起复的东林党人。
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