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第二部起将会改成第三人称。
在已经离开的那颗星球上的一段生活，对我来说充斥着混乱跟迷惘，不过当我准备离开的时候，一个坚定的目标已经形成，我要做的不仅仅是回家，而是要把得到的外星文明的科技，带会地球，也许对很多人来说，这件事情并不重要，但是对一个孜孜不倦的苦读了十余年，希望能在电化学上有所成绩的博士生来说，让自己的忍受寂寞获得的科研成果，在所有人面前绽放，是非常美妙的一件事。
《母皇第二部——王巢母舰》前言
我这次回航，带走了这个星球上所有能带走的东西，当然也把一些不需要的抛弃，比方钛龙号，跟那些替身兽。
王巢母舰的进化中止在五十六级，这个也是两个忌都星人的资料记录中，所有生化兽的最高等级，作为忌都星人的技术极限，想要独立完成更高层次的生化兽模板，对我来说几乎是不可能的。
那个时候很多朋友跟我说，母皇好就好在，那个简单的开头，有无限可能……现在看来这个开头也是个极大的弊端，因为他有无限可能，所以被吸引来的读者，喜欢的方向也并不相同。
向我做出了共进晚餐的邀请。
这场战争，被雷鸣大陆的历史学家称之为，一年的消失战役。因为在战争开始之后，几乎每天都会有人口失踪，本来应该是尸骸盈野的战斗，最后却只有干干净净的战场。
周青青青的爱琴舰队是最早出发的，他的能力在三大舰队指挥官中首屈一指，独自完成了舰队成员的招揽计划，而且在培训上也没有用我的插手。显示了一个合格的舰队指挥官的能力。
我要带来母皇飞船上，一千多个文明的科技回到地球，并且把这些文明的种子播撒，那三支舰队，之所以会被切断跟母皇的联系，是因为他们会成为我的研究对象，一个如何把低等文明升级到高等文明的实验品。
完全由我来掌握的两艘母皇飞船上，总共的人数也不会超过一万人，而且都集中在王巢母舰上，除了虞姬跟洛星儿，还有十三名意外的乘客，成了母皇飞船的新成员。
我依旧不明白那些抓我做研究的忌都星人究竟要做什么，但是我想他们恐怕没机会再次出现在我的面前了。三大舰队将会成为三枚重要的棋子，如果那些抓我做试验的忌都星人想要在地球上对我守株待兔，他们能够得到的只是完全跟母皇没有关系的舰队，跟一些被我从那个星球带来的普通人。
星螺母舰在进化到了五十八级的才陷入了停滞状态，因为原来的那艘星螺母舰拥有者，独立完成了两次升级的研究工作，给我留下了巨大的财富。
而在新的大赤帝国傲然屹立的南方大陆，以霸主之姿雄视雷鸣的时候，统一之战出力最多的新八军，第九军全体将士一起失踪，背后的大功臣晨星教团也星流云散，这一切都被载入了历史的谜团之中。
今晚起母皇第二部王巢母舰就会开始了，征途也从一个星球，跳跃到了整个宇宙舞台，主角不会那么快的到达地球，地球光复是第三部的事情了。
这一年被一个隐秘教会晨星教团宣传了很久的黑暗恐怖大魔王，复活在永生之海原始森林，跟大魔王同期复活的，还有海洋一般数量的魔王军队。
林西西的舰队成员则是经验最丰富的，所有的星球守护者都被我分配给了她，这支舰队的科技水准超过了其他的舰队。而零式生化首战舰性能上也比爱琴舰队强那么一些。
月城武的龙族舰队成了巨大的收容所，我带走的人，比预想的要多几倍，因此龙族舰队无论是规模还是人员都是大的。
母皇是很特别的一本书，我大概从没想过写这样一本书。当初要写的总督跟冰之大陆，想了想，做选择两本太少，就随手挖了两个新坑，凑成了四个。
一年消失战役的影响最大的方面，就是南方大陆人口减员超过了五分之一，而且几乎所有的三岁以上，十五岁以下的孩子都从各个国家消失。
这场莫名其妙的战争，发动的快，结束的也快，几乎是在所有决定性战役，都还没有进行的时候，就已经完成了主要将领的叛逃，然后正在交战的军队，就变成了一盘散沙，由另外一方顺利接收。
所有知道真相的人，都离开了这个世界。在雷鸣大陆战乱结束，恢复了和平的时候，我的三大舰队跟母皇飞船已经在遥远的宇宙旅途之中。
我有信心进入太阳系的冥王星轨道的那一刻，给地球文明带来新的篇章。
我没想到最后人气最好的是母皇，而且连续四次投票，换了快十个坑，最后还是母皇。
母皇好就好在有无限可能，那么就让我把这些可能一一实现吧，每探访一个文明，就会有一个新的故事。
首先遭到攻击的，却不是镇守在永生之海边缘的新八军跟第九军，而是倒霉无极限的黑山公国残部。这样的一场战争，让已经做好充足准备，大军正准备一举消灭美尼尔联邦跟大赤帝国最后势力的云凰王朝，变得措手不及。没有做任何战略改变的云凰王朝大军，在几乎是跟大魔王军同时投入战争之后，就陷入了恐怖的泥潭。
不过这场战争从头到尾也没有波及到北方大陆，甚至连南方大陆一贯安分守己的绢之国都没有被卷入进来，唯一的结果就是在一年的消失战役之后，南方大陆成立了一个新的国家，国土疆域包括了原来美尼尔联邦，大赤帝国，跟云凰王朝的所有领土，新的帝王是大赤帝国嫡系的子孙朱武能。
而母皇这个题材，从开始的迷惘到后来的兴趣盎然，我很喜欢那种宅男的味道，读书读到流泪，去死去死团资深成员，仰天大喊我为什么就没女孩喜欢，……很可惜，最后那个味道没能发扬光大，作为有老婆有女儿的人，我距离宅男已经很有距离，又不小心在前几年退了去死去死团……
元历三月，春！阳光和谐，南方大陆气候宜人。
虽然母皇飞船的等级已经达到了空前绝后，但是精神波动的扫描范围还是有其极限的，在星螺母舰的主控制室的屏幕上，渐渐消失的那个星球的景致，让我心情突然平静了下来，爱琴舰队也快要消失在母皇的扫描范围内，就在这个时候林西西发来了一个通讯信号。
星球守护者被彻底瓦解，数百年的努力付诸流水，十三名外星战士在星球的最南方的大陆上，被我的生化兽战士发现，并且活擒了回来，经过审讯之后，我终于明白了他们的来历。并且收服了他们加入我的部下。
很多对母皇有其他期待的读者，最后都离开了。
按照晨星教团的宣称，这些尸体都被大魔王的军队抢去，复活后成了恐怖的怪物，并且加入了魔王军，这样的消息，很久很久都流传在雷鸣大陆的民间，甚至成了各国神话传说的一部分。