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十天之后，沈飞收到邸报和密信的消息，锦衣卫“教导连”正式发威了，锦衣卫也进行了彻底的改组。
事情还是从整顿京营开始的，张庆臻把整顿京营的事情办砸了，还拖下水了刘鸿训，使内阁成员来了地震式的大换血，京营的整顿却还要继续。崇祯在兵部和吏部的推荐下，在文华殿召集了宁阳侯陈光裕、襄城伯李守琦、清平伯吴遵周，诚意伯刘孔昭四个人，让他们各自说说整顿京营的想法，几个人面试下来以李守琦的想法最有条理，说出了十几条措施，自信程度堪比茅元仪，似乎只要任用他就能扫除京营弊端，整顿出十万精兵来，让崇祯大赞人才，任命他提督京营，可是没过几天马上就碰了一个大钉子。
李守琦上任以后，一开始确实雷厉风行地干了几件事，四天内就宣布清退老弱三千多人，把一千多个冒名顶替的人打了一百军棍，又砍十几个在街头打架斗殴的营兵，这样一通雷霆手段下来，自以为可以严明军纪，把京营收拾了服服贴贴，就上疏夸耀。
可是到了第六天，就有一队京营士兵，不知道在谁的指使下，带着兵器，骑马在街上横冲直撞，喝了酒后，冲到店铺里抢劫并砍伤了店主，甚至一路冲到皇宫附近的大明门外，挥舞兵器大声吵闹。锦衣卫上去查问，这些士兵说是襄城伯让他们长长血性，和锦衣卫发生了冲突，最后锦衣卫和巡捕营联合才把二十多个人制服抓捕。
京营士兵公开作乱，性质严重。这还只有二十多人，如果是两百、两千麻烦就大了。虽然很容易就能想明白这事情不可能是李守琦指使的，是有人在使坏想把李守琦整下去，搅黄京营整顿的事情，可是毕竟是在担任京营提督以后闹出来的乱子，他也肯定有责任，崇祯只能把他停职，第二次整顿京营又宣告中断失败。
崇祯又找了一些武官勋贵问京营究竟是怎么回事，诚意伯刘孔昭感叹，京营的营兵都是北京的老居民，标准的地头蛇，和京城里方方面面的势力都有联络，身份从贩夫走卒，到权贵仆从，从锦衣卫到太监宫女家属乃至后妃外戚，几乎每一个都有背景，整治哪有这么容易的？高文彩也说北京城里的流言大多出自三大营，一人造谣进营传到一队，一队传一营，一营能传遍全城、传到满朝文武、传进内廷，煽动力极强。恭顺侯吴汝胤更直说谁真下手整治京营，没有几天真假各种流言就遍布北京城，还没治营兵，自己就先被治了。
崇祯看他们都叫苦，问京营莫非就没法治了？刘孔昭连叹艰难。崇祯问如果自己来治呢？吴汝胤说崇祯日理万机，哪有空亲自治理京营，接着说了大实话，明枪易躲暗箭难防，营兵大多是几代久居京城，人脉广泛，亲友遍及各行各业。工匠酒食医药都有相关，如果暗处做些手脚也难查难防，崇祯也难保万全。武宗和熹宗都是落水不久病死，谁也保证不了没有蹊跷。崇祯就决定京营先不动，还是先调来自己的嫡系力量，阎应元训练的锦衣卫教导连再说。
崇祯向高文彩询问了训练情况，短短不到两个月的训练，如果让这支教导连和后金精锐拼杀还不行，不过先整治内部已经够了。崇祯就让高文彩秘密把阎应元率领的这支教导连调进北京皇宫里。当天下午让这一百三十三人分成十三队穿便服分批骑快马进了北京。
北京城达官勋贵云集，每家都养了不少家丁，还有一些大商帮雇请的保镖，人数比这多的都有不少，不会引起注意。傍晚高文彩安排他们在城里一处秘密地点集结，给他们换上了锦衣卫制服和腰牌，按正常的锦衣卫轮值换班程序，把这些人安排进了皇宫，崇祯检阅后个个都精悍有慑人的气势。
当天晚上半夜，崇祯把教导连安排在了武英殿内外，召集相内阁首辅、次辅，兵部尚书、兵科都给事中和几个给事中以及锦衣卫高官，开了次小规模会议，提出了整顿锦衣卫。
说到任用官员推荐的勋贵整顿京营连连受挫的事情，说明凭资历身份任用人办事是不行了的。想振作武备不能再因循旧制，论资排辈，要打破用人制度开始，能力出众的，不管出身地位怎么样都应该重用。能力平庸低劣，不管家世怎么尊贵，官职品阶怎么高，都不能再占高位了。
京营要一下子整顿好不容易，就先从护卫亲军锦衣卫开始整顿。锦衣卫已经裁减一半，不过光裁减校尉、将军、力士还不够。锦衣卫官员要换，产生锦衣卫各级统领的方式也要换。锦衣卫掌卫事郑士毅问怎么换法，崇祯说直接通过教场比武，胜出的可为锦衣卫统领，不必再由兵部论资排辈推举人选。
韩爌经过两次内阁成员出事，已经不想在沾惹麻烦，说锦衣卫人事，向来是兵部和锦衣卫堂上官决定的，他没什么意见。一副不支持、不反对、不关心，能不管就不管的态度。王在晋表示支持，事情是因为他推荐的人整顿京营失败引起了的，他本来就有愧，加上在被弹劾事件中崇祯把他保了下来，当然不会有异议。
兵科都给事中熊奋渭，虽然没有进贰臣传，后来也是降了清的。一开始想表示反对，刚说了没几句，就看到了崇祯杀人的眼光。崇祯打算如果有人反对就直接杖杀立威强行推行的，不过那样后续的事会加大阻力，是作为最后的手段。幸亏熊奋渭被崇祯的眼光吓住了，中途转向说自己不在行，突然间分析不出利害得失，还是听听其他给事中的看法。熊奋渭不当出头鸟踢了皮球，其他给事中当然不会表示异议，许誉卿更表示本来就应该这样。
接下来崇祯又敲打了一下锦衣卫高官里的南镇抚司指挥徐本高，徐本高是徐阶的孙子，是文官的代表。南镇抚司的职能是监察锦衣卫内部，锦衣卫本来是监察官员的，结果锦衣卫内部监察掌握在一个官员利益代表手里，那职能等于被废了一大半，随时可以收拾看不顺眼的锦衣卫，徐本高后来也降了清。
崇祯指出徐家和牵连进袁崇焕案的原阁臣铁龙锡是姻亲，在钱龙锡是庶吉士时就和他结亲，如果没有被拿下，迟早是首辅，结果一个主持内阁，一个主持锦衣卫，就没人管得了他们了，把徐本高说得脸色发白，他们家确实有这个谋划。
敲打完徐本高，崇祯直接提出后天让他们召集锦衣卫在京营教场集合。让他们自己上也行，推选其他人也行，一百三十二人为一组，和阎应元率领的教导连对练，胜出的升为锦衣卫指挥使掌卫事。郑士毅提出崇祯选中了阎应元，他肯定早有准备。派一组没有准备不知深浅的上前比试，结果不够公平。崇祯提出可以派出五组人进行车轮战，可以先派前面几组试探。这下郑士毅找不出反对的理由，只能答应了下来。
到了日子较场比武结果阎应元的锦衣卫教导连五战全胜，本来双方持的兵器都是包了白灰布包的木棍，比试以后清点双方身上的白灰印记数量，以点数少者为胜。不过这个规则没起到作用，锦衣卫原营里选出的五队人，几乎都是全体躺在了地上战败的。大多交战两个回合就大部分躺下了，少数还能站着的也支撑不了下一回合，又比火器、射箭，结果还是教导连完胜。旁观的郑士毅、徐本高都是先目瞪口呆，直到最后垂头丧气。
比试完了以后，崇祯就按事先的约定，约锦衣卫进行了彻底的改组，任命阎应元为锦衣卫指挥使掌卫事。教导营一百三十二人，都提升为至少百户的职务，就是每个人至少都能率领一百人以上的队伍，之前在幽都山秘密营地里，他们各自招募训练的一百人就可以直接调到他们名下，成为正式的锦衣卫校尉。
这样一来，阎应元就掌握了一万三千两百人的锦衣卫精锐，加上整编消化现有的其他锦衣卫力量，至少就有了两万人的实力。崇祯终于有了可以推行变革的武力后盾。
崇祯就把原来负责皇宫守卫的金吾卫、羽林卫、虎贲卫也都并入了锦衣卫，锦衣卫组织结构成为四营二司，分别是枢锐营、校事营、侍从营、缇骑营、北镇抚司、南镇抚司。
枢锐营就是编制两万人，就是军队，一律按军队实战标准进行训练。锦衣卫有一个“卫”字，又称为皇帝的“亲军”，性质首先就是军队，而不是一般人们以为的情报机构。
第一期枢锐营军官从教导连里抽调，以后的计划，阎应元建议从全国各州县十四岁以下的童生中通过考试选拔身体强健、头脑聪明、性情刚毅的一千人送到京城，给过考核选出三百人进入国子监讲武堂学习，每天进入皇宫教场，由皇帝每天抽出一个时辰，亲自监督训练。两年以后，把这三百人分别送到各边镇锻炼一年，让这三百人各自率兵比试选出枢锐军官。
校事营，编制正式成员六千人，临时成员不限，这个才是后世人们一般以为的锦衣卫职能，情报机构，负责侦查收集各类情报。沈飞知道胡适写过一篇考证文章《曹魏的校事制度》，认为是中国最早的情报组织，“校事”一词大概就是源自于此。
校事营可以在各行各业中发展秘密成员，建立直达中枢的秘密联络渠道，触角可伸入边军、京营、各土司、境外属国、夷狄部落、宗藩王府。沈飞主持的对付武林人物的机构也挂在校事营下，安剑清已经送来了沈飞和完颜萍的锦衣卫制服和腰牌，校事营副指挥佥事，有个副字是因为沈飞不管情报工作，专职对付武林人物。还送来50块百户腰牌让他们任命招募的手下，两个还有一个指挥使加衔，和阎应元平级，突显两人的地位。
侍从营编制三千人，从枢锐营选拔优秀者组成，以个人格斗能力强者担任，就相当于皇帝的警卫营。侍从营主官指挥佥事，阎应元特别推荐由张渊担任，张渊二十四岁，是教导连里的优秀者，戚继光《纪效新书》中提到的十六个武术流派中绵张短打的传人，从小习武，也精通各种器械，在之前的训练中对各种阵法者是一点就通，极其聪明，才被阎应元选中作为崇祯的护卫。虽然之前沈飞给过崇祯太监速成的《葵花宝典》，不过再怎么速成也需要至少一年时间，即便林平之也不是毫无基础的，先让他顶一下也可以。
缇骑营散布各州县，为常设锦衣卫精锐骑兵组织，每县至少常备十人，负责快速传递消息，协捕重犯，京城缇骑营三千人。北镇抚司监察百官和专管诏狱，南镇抚司监察锦衣卫内部，职能和原先一样。
另外把锦衣卫里原先负责仪仗摆设的分离出去，独立设仪鸾卫。这部分装点门面的当然经费被缩减到了最小，原来的锦衣卫高管郑士毅、张道浚、刘侨、吴孟明、徐本高等人，都划进了仪鸾卫中。并且规定以后凡是恩荫世袭进的锦衣卫统统归入仪鸾卫，锦衣卫和各级校卫的将官都必须严格考核选拔产生。
这个方案一公布，原来那些锦衣卫高官大多面如土色，但是都毫无办法，毕竟这个方案是之前官员都同意的。到这一步，对锦衣卫的改组整顿，初步架构已经完成。